Duchowość Apostoła Maryi
Polak, czyli katolik
Siedleckie gimnazjum, do którego chłopiec uczęszczał, prowadziło zakrojoną na szeroką skalę akcję rusyfikacyjną, jednocześnie Ignacy spotykał się z rozwiniętym w pełni oporem polskiego społeczeństwa wobec niej. Nie zrezygnował z częstego udziału we Mszy świętej i z czytania polskiej literatury, mimo iż groziło to powtarzaniem klasy. Nieco później doświadczył też prześladowania religii katolickiej i kapłanów. Z tego okresu wyniósł więc obraz walki w obronie katolicyzmu i polskości oraz ideał Polaka dochowującego wierności Kościołowi katolickiemu. Wartości te towarzyszyły mu w całym jego życiu. Jeszcze w okresie zaborów ks. Kłopotowski pisał i wydawał broszurki o treści religijnej, promujące również miłość do zniewolonej Polski, a od 1906 r. rozpoczął wydawanie dziennika „Polak-Katolik”. Zawsze jasno i zdecydowanie opowiadał się za wyznawanymi wartościami. Grożono mu zesłaniem na Sybir, przebywał w przymusowym areszcie, nakładano na niego grzywny, ale od swoich ideałów nie odstąpił nigdy. Cała jego późniejsza działalność miała więc głębokie religijne korzenie, broniła katolicyzmu i polskości.
Uczeń św. Alfonsa
Podczas studiów seminaryjnych i akademickich ks. Ignacy zgłębiał dziedzinę teologii katolickiej. Na jego formację miała wpływ zwłaszcza teologia zachodnia i tradycja polskiego katolicyzmu. Oba te prądy kształtowały jego duchowość i determinowały postawy życiowe, a także ujawniały się w jego twórczości piśmienniczej i działalności wydawniczej. Wielką rolę w kształtowaniu się duchowości ks. Kłopotowskiego odegrała eucharystyczna i maryjna teologia św. Alfonsa Marii de Liguoriego. Idąc w ślady św. Alfonsa, ks. Ignacy kładł szczególny nacisk na życie sakramentalne, na częstą Komunię świętą, udział we Mszy świętej, na modlitwę, pokutę i nabożeństwa maryjne. Taką duchowość pielęgnował w sobie i według niej formował parafian i czytelników swoich pism. Ważne aspekty jego duchowej sylwetki to troska o ubogich i opuszczonych oraz niespotykana żarliwość apostolska.